ได้กล่าวแล้วข้างต้นว่า จุดเริ่มร่วมของศาสนาและวิทยาศาสตร์ก็คือ การที่มนุษย์ประสบปัญหาในการดำรงชีวิตอยู่ในโลก เนื่องจากภัยอันตรายและความติดขัดบีบคั้นจากธรรมชาติแวดล้อม และเมื่อจะแก้ปัญหา มนุษย์ก็มองออกไปที่ธรรมชาติภายนอกด้วยความรู้สึกหวาดหวั่น และความรู้สึกอัศจรรย์ใจ แล้วความรู้สึกทั้งสองนั้นก็นำต่อไปสู่ความใฝ่ปรารถนาที่จะพ้นภัย และความใฝ่รู้ในความจริงของธรรมชาติ ต่อแต่นั้น จากจุดเริ่มที่ร่วมกัน ศาสนากับวิทยาศาสตร์ก็เริ่มแยกจากกัน
แม้จะแตกต่างกันอย่างไรก็ตาม แต่ทั้งศาสนาทั่วไปและวิทยาศาสตร์ก็มีจุดร่วมอีกอย่างหนึ่งที่เหมือนกัน คือ การมองออกไป (หาต้นเหตุ) ที่ธรรมชาติภายนอกตัว โดยที่ตัวมนุษย์เองเป็นผู้มองและไม่ได้มองดูตัว ในแง่นี้ เมื่อพูดถึงเฉพาะวิทยาศาสตร์ เราจึงพบว่าวิทยาศาสตร์ศึกษาแต่ธรรมชาติภายนอกในโลกแห่งวัตถุ ไม่ได้มองมนุษย์รวมอยู่ในภาพรวมของธรรมชาติ หรือพูดอีกอย่างหนึ่งว่า ไม่มองธรรมชาติว่าครอบคลุมถึงมนุษย์ และก็มิได้มองมนุษย์ว่าครอบคลุมธรรมชาติเอาไว้ในตัวด้วย
เมื่อวิทยาศาสตร์มองธรรมชาติอย่างนี้ วิทยาศาสตร์จึงมีจุดที่เป็นเป้าของศรัทธาเพียงอย่างเดียว คือ ธรรมชาติ (ภายนอก) โดยมีความเชื่อมั่นว่าในธรรมชาตินั้นมีกฎเกณฑ์อันแน่นอน ซึ่งเรียกสั้นๆ ว่าศรัทธาในกฎธรรมชาติ
แต่สำหรับพระพุทธศาสนา จุดเริ่มคือการที่จะแก้ปัญหาที่เรียกว่าความทุกข์ของมนุษย์ ซึ่งเกิดจากเหตุปัจจัยทั้งภายนอกและภายใน โดยเฉพาะเน้นแดนแห่งกิจกรรมของมนุษย์ แต่ก็มองเห็นว่าเหตุปัจจัยเหล่านั้นเป็นกระบวนการของธรรมชาติ พุทธศาสนาจึงเชื่อในกฎธรรมชาติเช่นเดียวกับวิทยาศาสตร์ แต่ความเชื่อหรือศรัทธานี้โยงมาถึงตัวมนุษย์ด้วย ทั้งในแง่ที่มนุษย์นั้นเป็นส่วนหนึ่งของธรรมชาติ และในแง่ที่มนุษย์เป็นที่ครอบคลุมธรรมชาติเอาไว้ในตัว โดยถือว่า ความเป็นไปของชีวิตมนุษย์ก็อยู่ภายใต้กฎธรรมชาตินั้นเช่นเดียวกัน
สรุปว่า ศรัทธาของพระพุทธศาสนามีแง่ที่ต่างจากศรัทธาของวิทยาศาสตร์ คือ ศรัทธาของวิทยาศาสตร์มีจุดที่เป็นเป้าอย่างเดียว ได้แก่ ธรรมชาติ แต่ศรัทธาของพระพุทธศาสนามีจุดที่เป็นเป้า ๒ อย่าง ได้แก่
แม้จะมีจุดที่เป็นเป้าแยกเป็น ๒ อย่าง แต่จุดเป้าทั้งสองนั้นก็เชื่อมโยงถึงกัน ต่อเนื่องเป็นอันเดียว และจากความเชื่อมโยงระหว่างจุดเป้าทั้งสอง คือ ธรรมชาติกับตัวมนุษย์นี้ เราสามารถแยกศรัทธาของพระพุทธศาสนาเป็น ๒ ระดับ
๑) ระดับที่หนึ่ง หรือระดับพื้นฐาน: ศรัทธาหนึ่งเดียวแยกเป็น ๒ ด้าน
ในระดับที่หนึ่ง หรือระดับพื้นฐาน ซึ่งอาจจะเรียกว่าระดับสูงสุดก็ได้ ศรัทธาเกี่ยวกับธรรมชาติภายนอกหรือธรรมชาติทั่วไป และศรัทธาเกี่ยวกับตัวมนุษย์ เป็นศรัทธาอันเดียวกันนั่นเอง แต่แยกเป็น ๒ ด้าน หรือว่าที่จริงคือ โยงต่อจากกันเป็น ๒ ช่วงตอน กล่าวคือ
ที่ว่าศรัทธาทั้งสองข้อนี้เป็นศรัทธาอันเดียวกัน ก็เพราะว่าแท้จริงแล้ว ทั้งสองข้อนั้น ก็เป็นศรัทธาที่เกี่ยวกับธรรมชาติด้วยกันทั้งนั้น สำหรับข้อ ๑ นั้น โดยคำพูดก็ชัดอยู่แล้วว่า เป็นศรัทธาที่เกี่ยวกับธรรมชาติ แต่ที่จริงธรรมชาติในข้อ ๑ นั้น หาใช่จะครอบคลุมธรรมชาติทั้งหมดไม่ มันกินความแค่ธรรมชาติภายนอก หรือธรรมชาติทั่วๆ ไปนอกจากความเป็นมนุษย์
ในทางพุทธศาสนาถือว่า มนุษย์ก็เป็นธรรมชาติส่วนหนึ่งด้วย เพราะตัวมนุษย์เองในส่วนที่เป็นรูปธรรม ก็มีความเป็นธรรมชาติเหมือนกันกับธรรมชาติภายนอกทั่วๆ ไป อย่างไรก็ดี มนุษย์มีธรรมชาติอีกส่วนหนึ่ง ซึ่งแปลกจากธรรมชาติภายนอกทั่วๆ ไป เป็นธรรมชาติส่วนที่ทำให้มนุษย์มีภาวะที่แตกต่างจากธรรมชาติภายนอกทั่วๆ ไปเหล่านั้น ซึ่งเป็นเรื่องเฉพาะพิเศษของมนุษย์หรือเป็นส่วนที่เป็นตัวมนุษย์เองแท้ๆ ที่เราเรียกแยกออกมาว่า เป็นตัวมนุษย์ต่างหากจากธรรมชาติทั่วๆ ไป ธรรมชาติส่วนที่เป็นตัวมนุษย์โดยเฉพาะนี้เป็นนามธรรม เป็นเรื่องของคุณค่า หรือเป็นธรรมชาติในด้านคุณค่า
เนื่องจากมนุษย์มีทั้งส่วนรูปธรรมที่เป็นธรรมชาติ เหมือนกับธรรมชาติทั่วๆ ไปภายนอก และมีทั้งส่วนนามธรรมที่เป็นธรรมชาติด้านคุณค่า ซึ่งพิเศษนอกเหนือไปจากธรรมชาติภายนอกทั่วไปเหล่านั้น ดังนั้น แทนที่จะพูดว่ามนุษย์ก็เป็นส่วนหนึ่งของธรรมชาติด้วย เราควรจะพูดในทางกลับกันว่า มนุษย์ครอบคลุมธรรมชาติทั้งหมดเอาไว้ในตัว และพร้อมกันนั้นมนุษย์ก็เป็นอันเดียวกับธรรมชาติ
ทางพระพุทธศาสนาถือว่า เรื่องคุณค่าที่เป็นด้านนามธรรมของมนุษย์ ก็เป็นธรรมชาติเหมือนกัน และมันก็ขึ้นต่อกฎธรรมชาติแห่งความเป็นไปตามเหตุปัจจัยเช่นเดียวกัน มันจึงเป็นความจริงของธรรมชาติเช่นกันด้วย ด้วยเหตุนี้ การที่จะรู้เข้าใจธรรมชาติ เข้าถึงความจริงหรือสัจจธรรมอย่างแท้จริง จึงต้องรู้เข้าใจธรรมชาติให้ครบทั้งสองด้าน คือทั้งธรรมชาติภายในของตัวมนุษย์ และธรรมชาติทั่วไปภายนอก
เฉพาะอย่างยิ่ง มนุษย์เป็นผู้ศึกษา เป็นผู้รู้เข้าใจธรรมชาติ การที่จะรู้เข้าใจธรรมชาติทั่วไปได้ ก็ต้องรู้เข้าใจตัวมนุษย์ที่เป็นผู้ศึกษาและเป็นผู้รู้เข้าใจธรรมชาตินั้นด้วย แม้แต่ตัวความรู้ความเข้าใจนั้นเอง ตลอดจนศรัทธาและความใฝ่รู้เป็นต้น ที่เป็นองค์ประกอบของการเข้าถึงความจริง ก็ล้วนเป็นเรื่องของคุณค่า เป็นด้านนามธรรมของตัวมนุษย์ และเป็นธรรมชาติที่จะต้องรู้เข้าใจด้วยทั้งนั้น ยิ่งกว่านั้น เราจะเห็นจุดบรรจบในขั้นสุดท้ายว่า ตัวภาวะของการรู้เข้าใจเข้าถึงความจริงของกฎธรรมชาตินั้นเอง ก็มีความหมายสำหรับมนุษย์ เป็นการบรรลุถึงความดีงามหรือคุณค่าสูงสุด เพราะฉะนั้น ในขั้นสุดท้าย ความจริงแท้กับความดีงามสูงสุด หรือความจริงสูงสุดกับคุณค่าสูงสุดจึงเป็นอันหนึ่งอันเดียวกัน ถ้าไม่ศึกษาคุณค่าต่างๆ ที่เป็นเรื่องของมนุษย์นี้แล้ว การรู้เข้าใจธรรมชาติก็จะต้องเว้าแหว่ง บกพร่อง ไม่ครบถ้วน ไม่สมบูรณ์ และไม่สามารถเข้าถึงความจริงอย่างแท้จริง
เมื่อแยกธรรมชาติออกเป็น ๒ ด้านหรือ ๒ ส่วน คือ ตัวมนุษย์กับธรรมชาติภายนอกแล้ว ศรัทธาต่อธรรมชาติ ก็แยกออกเป็น ๒ ด้าน หรือ ๒ ตอนด้วยคือ ศรัทธาในกฎธรรมชาติที่เป็นองค์ความรู้หรือตัวความจริงสูงสุด กับศรัทธาในความดีงามหรือคุณค่าสูงสุด แต่ก็เช่นเดียวกับธรรมชาติโดยรวมที่เป็นอันหนึ่งอันเดียว ศรัทธา ๒ อย่างนั้นก็เป็นเพียงการแสดงออก ๒ ด้านหรือ ๒ ตอนของศรัทธาอันเดียวกัน ซึ่งในที่สุด การเข้าถึงองค์ความรู้สูงสุด กับการบรรลุถึงคุณค่าสูงสุดมาบรรจบรวมเป็นอันหนึ่งอันเดียวกัน ศรัทธาที่รวมเป็นอันหนึ่งอันเดียวนี้เรียกสั้นๆ ว่า ศรัทธาในธรรม
ถึงแม้วิทยาศาสตร์จะมีศรัทธาในกฎธรรมชาติ มุ่งที่จะรู้เข้าใจเข้าถึงความจริงของกฎธรรมชาติ แต่วิทยาศาสตร์ไม่ได้มองธรรมชาตินั้นครอบคลุมถึงความเป็นมนุษย์และคุณค่า ความจริงที่วิทยาศาสตร์มองจึงไม่ครบถ้วน ไม่ทั่วตลอด การแสวงหาความรู้ทางวิทยาศาสตร์จึงขาดตอน ไม่สามารถตีวงบรรจบครบรอบได้ จึงไม่สามารถมองเห็นสัจจธรรมได้โดยสมบูรณ์ โดยที่ความจริงด้านหนึ่งของธรรมชาติได้ถูกละเลยมองข้ามไปเสีย คือความจริงด้านตัวมนุษย์ รวมทั้งระบบคุณค่าทั้งหมด